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Title :大容量塩基配列に基づくハダニ類の系統解析と近縁種の簡易識別法の開発
Title alternative :Phylogenetic analysis and rapid identification of spider mites based on RNA-sequencing data
Authors :後藤, 哲雄
Authors alternative :Gotoh, Tetsuo
Issue Date :31-May-2017
Abstract :研究成果の概要(和文):ハダニ類の分子系統解析は、ミトコンドリアDNAや核rRNAで行われてきたが、ブートストラップ値が低く、属間関係は不明瞭であった。本研究では、ハダニ類15属87種88系統について次世代シークエンサーによるトランスクリプトーム解析を行い、88系統に共通するオーソログ遺伝子652個を得た。これらに よる分子系統解析は、従来の系統樹と矛盾せず、かつほぼすべての分岐(67/70 nodes)が高いブートストラップ値で支持された。また15属中4属が単系統にならなかったので、ハダニ類の系統上の近縁性を反映した分類体系を構築するには、分類形質の再検討が必要であることが示唆された。研究成果の概要(英文):Molecular information of spider mites is increasingly used to answer taxonomic and systematic questions. The COI gene and ITS2 region of nuclear ribosomal RNA have been used for phylogenetic reconstruction within the Tetranychidae, but these sequences have not consistently resolved genus-level phylogenetic relationships, because of low bootstrap values. So, we performed phylogenomics analysis for spider mites, derived from comparative RNA-Seq data for 88 strains of 87 species belonging to 15 genera. A phylogenetic tree using 652 orthologous protein-coding genes shared among taxa, was well-resolved and strongly supported for almost all nodes (67/70), allowing us to consider the phylogenetic relationships among genera of Tetranychidae. The topology presented here does not fully agree with the current taxonomic treatment, because the four genera were polyphyletic. These results indicate that the diagnostic morphological characters of the genera of Tetranychidae must be reconsidered.
Type Local :科研等報告書
Publisher :茨城大学
URI :http://hdl.handle.net/10109/14244
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